Khối Tin là thành viên của khối chuyên tự nhiên gồm : Toán, lý, hóa, sinh, tin; tuy là em út sinh sau đẻ muộn nhưng Tin luôn khẳng định được vị thế của mình không những ở học tập mà còn các hoạt động ngoại khóa

Khối chuyên Toán là một trong những khối chuyên nhận được sự quan tâm và kì vọng nhất của trường THPT chuyên Nguyễn Trãi tỉnh Hải Dương. Không chỉ bởi đặc thù của môn Toán là rèn luyện tư duy logic, khả năng lập luận sắc bén mà đây cũng là môn học giúp bạn học tập tốt các bộ môn khác.

“Biết sử ta” không phải chỉ đơn thuần là ghi nhớ một số sự kiện, một vài chiến công nói lên tiến trình đi lên của dân tộc hay ghi nhớ công lao của một số người làm nên sự nghiệp to lớn đó, mà còn phải biết tìm hiểu “cho tường gốc tích nước nhà Việt Nam”, tiếp nhận những nét đẹp của đạo đức, của đạo lý làm người Việt Nam. Vì chính đó là gốc của mọi sự nghiệp lớn hay nhỏ của dân tộc, không phải chỉ ở thời xưa mà ở cả ngày nay và mai sau.

Đối với nhiều bạn học sinh, Hóa Học trở thành một nỗi sợ hãi lớn trong suốt hai năm cuối cấp 2 bởi đây là một bộ môn khá mới với các bạn, đòi hỏi sự tỉ mỉ, chăm chỉ và cần cù. Tuy nhiên, Hóa Học lại là một môn học rất dễ bị chinh phục khi bạn có đủ niềm đam mê, yêu thích cũng như sự tìm tòi, học hỏi.  

Cũng như các khối chuyên Toán, Lí, Hoá thì khối chuyên Sinh là một phần vô cùng quan trọng của khối chuyên Tự nhiên. Khối chuyên Sinh tập trung tổ chức Bồi dưỡng đội tuyển môn Sinh học dự các kì thi học sinh giỏi tỉnh, học sinh giỏi cấp Quốc gia và Quốc tế, trở thành niềm tự hào của trường THPT Chuyên Nguyễn Trãi từ những ngày đầu thành lập trường.   

Thông thường mọi người sẽ nghĩ khi học Địa chỉ cần thuộc kiến thức trong sách vở là được, nhưng điều này không hoàn toàn đúng. Bởi trong môn Địa lí cũng cần tư duy logic, sự tính toán một cách tỉ mỉ và hơn cả là hiểu biết về các vấn đề “ nóng hổi” của xã hội. Vì vậy, một công thức pha trộn hoàn hảo nhất giữa tự nhiên và xã hội sẽ tạo ra Khối chuyên Địa chúng tớ!

Cùng với các khối ngữ, khối chuyên Pháp là một trong những khối chuyên đầu tiên có mặt trong mô hình giảng dạy của trường Phổ thông Năng khiếu Hải Hưng, nay là trường THPT chuyên Nguyễn Trãi, Hải Dương (1996).

Khối chuyên Anh, trường THPT Chuyên Nguyễn Trãi là niềm mơ ước, là mục tiêu của khá nhiều bạn học sinh trên toàn tỉnh Hải Dương. Tuy có thể được coi là “em áp út” trong trường, được hình thành muộn hơn so với 4 khối chuyên: Toán, Văn, Lý, Nga, nhưng khối chuyên Anh đã nhanh chóng khẳng định được vị thế và sức thu hút của mình với các bạn học sinh cũng như các bậc phụ huynh.  

Lạ nhỉ, người ta thường nói, lớp Văn sinh ra là dành cho con gái chúng tớ. Nhưng tớ không nghĩ thế, lớp Văn là dành cho tất cả những ai rung động trước ngôn từ và lựa chọn nó. Và thế, chúng mình trở thành những cô gái và chàng trai lớp Văn.  

Khối A1 - hay còn được gọi là Khối Không chuyên của trường THPT chuyên Nguyễn Trãi. Khối gồm 3 lớp: 10A1, 11A1, 12A1, các lớp học theo chương trình THPT Công lập trên toàn tỉnh và được đào tạo chuyên sâu để hướng tới kì thi THPT QG.