Được thành lập vào năm 2015 bởi cô giáo Phạm Phương Chi- GV tiếng Anh của trường Chuyên Nguyễn Trãi và cô Chin-Yee Chew - GV tình nguyện từ tổ chức Fullbright của Mỹ và hiện nay được dẫn dắt bởi cô Nguyễn Thu Hằng - GV tiếng Anh của nhà trường.

Câu lạc bộ Sách và Hành động được thành lập vào ngày Chào Tân Học Sinh 5/9 năm 2018-2019 bởi một nhóm nhỏ gồm những bạn học sinh Chuyên Nguyễn Trãi có chung niềm đam mê với sách. 

Thành lập từ năm 2014, trải qua 6 năm đồng hành cùng THPT Chuyên Nguyễn Trãi, Câu lạc bộ Mỹ thuật - The NTArt Club đã có những chuyển biến đáng kể, kèm theo đó là những kỉ niệm khó quên đối với mỗi thành viên câu lạc bộ.

Câu lạc bộ Công nghệ thông tin (NTS) được thành lập năm 2016 với mục đích tạo điều kiện giúp đỡ, giao lưu, nâng cao hiểu biết về công nghệ, kết nối giữa học sinh và giáo viên trong trường thông qua công nghệ thông tin.

Năm 2020, Câu lạc bộ Âm Nhạc (DIVA) của trường THPT Chuyên Nguyễn Trãi đã chính thức bước sang tuổi thứ 5. Trải qua nửa thập kỷ, DIVA đã có một chặng đường hình thành và phát triển thật đáng nhớ ở CNT. 

 5 năm – một chặng đưởng khá dài đối với một CLB của trường THPT chuyên Nguyễn Trãi cũng như với mỗi thành viên khi NMC lên 5 tuổi. Quãng đường 5 năm đẹp đẽ những cũng chứa đầy những thăng trầm với bao kỉ niệm không thể nào quên. Hãy cùng chúng mình điểm lại những thánh tích nổi bật của NMC suốt 5 năm hoạt động nhé!  

Chiều thứ bảy ngày 11/8, NMC-câu lạc bộ Truyền thông trường THPT Chuyên Nguyễn Trãi đã chính thức bước sang tuổi thứ tư bên cạnh đại gia đình. Lần đầu tiên kể từ ngày thành lập NMC, một lễ sinh nhật với quy mô chưa từng có đã diễn ra, với sự có mặt của thầy Mạc Đăng Nghị, phó hiệu trưởng Nhà trường, cô Lưu Thu Liên, chủ nhiệm, cố vấn câu lạc bộ, cô Nguyễn Thu Quyên, bí thư Đoàn trường, cô Hoàng Thị Mai, phó bí thư Đoàn trường cùng mọi thế hệ thành viên của NMC. Có thể nói, sinh nhật lần thứ 4 của NMC vừa đánh dấu sự trưởng thành của “em bé” ngày nào, vừa là dịp nhìn lại chặng đường khẳng định mình trong 4 năm qua, cũng vừa là cầu nối giữa những cựu thành viên và thế hệ mới của câu lạc bộ.