Ngay từ những ngày đầu khi mới thành lập trường năm 1984, tổ Văn phòng đã là một bộ phận không thể thiếu của trường PTNK tỉnh Hải Hưng. Cùng với sự phát triển của trường trong 40 năm qua, tổ Văn phòng đã có nhiều đóng góp vào sự phát triển chung của nhà trường. Tuy không có thành tích vang dội như giải Quốc gia, Quốc tế, Hội giảng,... như các tổ chuyên môn, nhưng công việc của tổ lại có nhiều tác động đến quá trình giảng dạy và học tập của giáo viên và học sinh. Những công việc đó có liên quan đến điều hành chung hoạt động của nhà trường như đảm bảo cơ sở vật chất, tài chính, chuẩn bị các điều kiện tốt nhất cho giờ lên lớp của giáo viên cũng như các em học sinh.

Từ năm 1989 đến năm 1997 Khi mới thành lập, trường Phổ thông Năng khiếu Hải Hưng chỉ có lớp chuyên Văn - Nga. Đến năm 1989, môn chuyên Tiếng Anh bắt đầu được giảng dạy, gộp chung với môn Tiếng Nga lập thành lớp chuyên Anh - Nga. Đến giờ học ngoại ngữ thì thầy trò lại tách ra học riêng hai môn chuyên. Mô hình đó kéo dài cả chục năm. Năm 1994, môn Tiếng Pháp được đưa vào giảng dạy, và lớp chuyên Anh - Nga - Pháp ra đời, cũng là khóa chuyên duy nhất có ghép cả 3 môn ngoại ngữ trong cùng 1 lớp. Năm 1997, ba lớp chuyên Anh, Nga, Pháp được tách riêng, hoàn thiện ba lớp ngoại ngữ trong trường THPT Chuyên Nguyễn Trãi.

“Mặt trời lặn để lại buổi đêm cho những vì sao cùng vầng trăng tỏa sáng”. Nhưng đối với những thầy cô tổ Địa lý tại trường THPT chuyên Nguyễn Trãi, họ là những “mặt trời tri thức” chẳng bao giờ lặn, luôn ở nơi đó, rọi sáng mọi con đường cho những cô cậu học trò đang tuổi ăn, tuổi lớn sớm trở thành những ngôi sao tự mình tỏa sáng trên bầu trời.

Tổ Sử - Giáo dục kinh tế và pháp luật (nguyên là tổ Lịch sử - Giáo dục công dân) chính thức thành lập vào năm học 2001 – 2002. Khi mới thành lập, Tổ có 09 thành viên (Thầy Phan Kế Tấn, Cô Nguyễn Thị Thế Bình, Cô Nguyễn Thị Hồng Thanh, Cô Nguyễn Thị Loan, Cô Lê Thị Thanh Thủy, Cô Bùi Thị Xuyên, Thầy Phạm Văn Tình, Cô Nguyễn Thị Lý, Cô Hoàng Minh Yến), do Thầy Phan Kế Tấn làm Tổ trưởng. Trải qua thời gian, đội ngũ cán bộ, giáo viên của tổ có sự biến động, ngoài lý do chuyển công tác, được nghỉ chế độ hưu trí hay chuyển sang sinh hoạt ở Tổ Văn phòng, tổ còn được đón thêm nhiều giáo viên trẻ về công tác, cống hiến. Đến nay, Tổ Sử - Giáo dục kinh tế và pháp luật đã trở thành tổ chuyên môn với đội ngũ đông đảo gồm 11 thành viên (08 giáo viên Lịch sử, 03 giáo viên Giáo dục kinh tế và pháp luật), do Cô Nguyễn Thị Nga làm Tổ trưởng. Trong suốt chiều dài hình thành và phát triển, Tổ chuyên môn đã đóng góp cho trường THPT chuyên Nguyễn Trãi 181 học sinh đạt giải HSGQG trong đó có 12 giải Nhất, 53 giải Nhì, 71 giải Ba và 45 giải Khuyến Khích.

Môn Ngữ văn như một dòng sông mênh mang chở đầy cảm xúc, nơi các thầy cô là những người lái đò tận tụy, dẫn dắt học sinh qua từng bến bờ tri thức và những giá trị nhân văn sâu sắc. Các thầy giáo, cô giáo tổ Ngữ văn tại chuyên Nguyễn Trãi, với ngọn lửa đam mê và tình yêu dành cho văn chương, đã mở ra một thế giới kỳ diệu của ngôn từ. Đối với họ, mỗi bài giảng là một hành trình khám phá cái đẹp và cảm nhận nhịp sống văn hóa dân tộc. Từng tác phẩm văn chương qua lời giảng của các thầy cô đã mở ra chân trời mới, giúp học sinh lắng nghe tiếng vọng của tâm hồn, nhận ra vẻ đẹp tinh tế ẩn giấu trong từng câu chữ.

Được hình thành từ sự kết hợp của hai nhóm môn học Sinh - Kỹ thuật nông nghiệp và Kỹ thuật công nghiệp vào năm 1999, Tổ Sinh - Công nghệ đã trải qua một hành trình đầy biến động với nhiều thành công rực rỡ. Từ những ngày đầu tiên với cơ sở vật chất còn hạn chế, tổ đã không ngừng lớn mạnh và khẳng định vị thế của mình. Với 70% giáo viên trẻ có năng lực, 30% giáo viên có kinh nghiệm giảng dạy lâu năm, các thế hệ giáo viên trong tổ đã có nhiều đóng góp vào thành tích rực rỡ của trường. 

Tổ Hóa học là một tổ chuyên môn được ra đời khá muộn. Từ một nhóm Hoá học trong tổ Hoá – Sinh – Kỹ thuật, tháng 5 năm 1999, Ban giám hiệu trường THPT chuyên Nguyễn Trãi đã ra quyết định thành lập tổ bộ môn Hoá học.