Từ những ngày đầu tiên thành lập trường cho đến nay, lãnh đạo các tổ chức, đoàn thể luôn đóng vai trò là hạt nhân dẫn dắt để làm nên một THPT chuyên Nguyễn Trãi thành công, tỏa sáng như ngày hôm nay. Cũng là những người giáo viên nhân dân nhưng bên cạnh công tác giảng dạy gắn liền với bảng đen phấn trắng, họ còn là những người quản lý, hoạch định đường hướng cho sự vận hành và tổ chức các hoạt động giáo dục tại nhà trường. Trải qua 40 năm phát triển, lãnh đạo các tổ chức, đoàn thể trong nhà trường đã khẳng định được vị thế của mình là một trong những nhân tố quan trọng góp phần vào sự thành công chung.