“Sống trong đời sống, cần có một tấm lòng. Để gió cuốn đi…” Bên cạnh một bộ não nhanh nhẹn, học sinh CNT chúng mình còn có một trái tim ấm áp, thật đấy. Minh chứng rõ ràng nhất chính CLB NVG – Trái tim Việt Nam, nơi sẻ chia niềm mong ước được giúp đỡ những mảnh đời bất hạnh của học sinh trong trường. CLB đang ngày một phát triển, đi cùng với bề dày lịch sử của nhà trường.

Nhắc tới Chuyên Nguyễn Trãi người ta không chỉ ấn tượng bởi thành tích học tập đáng nể mà còn là cả những hoạt động sôi nổi ngoài giờ lên lớp, trong đó có các bộ môn thể thao. Là một trong những câu lạc bộ ra đời sớm nhất tại CNT, CLB thể thao Chuyên Nguyễn Trãi ngày càng phát triển và khẳng định được vị thế của mình bên cạnh các CLB khác. 

Với mục đích đem tranh biện đến gần hơn với các bạn học sinh tại trường chuyên Nguyễn Trãi nói riêng và các bạn học sinh trên địa bàn tỉnh Hải Dương nói chung, CLB Tranh biện DIFFERO đã được ra đời!

Được thành lập vào năm 2015 bởi cô giáo Phạm Phương Chi- GV tiếng Anh của trường Chuyên Nguyễn Trãi và cô Chin-Yee Chew - GV tình nguyện từ tổ chức Fullbright của Mỹ và hiện nay được dẫn dắt bởi cô Nguyễn Thu Hằng - GV tiếng Anh của nhà trường.

Câu lạc bộ Sách và Hành động được thành lập vào ngày Chào Tân Học Sinh 5/9 năm 2018-2019 bởi một nhóm nhỏ gồm những bạn học sinh Chuyên Nguyễn Trãi có chung niềm đam mê với sách. 

Thành lập từ năm 2014, trải qua 6 năm đồng hành cùng THPT Chuyên Nguyễn Trãi, Câu lạc bộ Mỹ thuật - The NTArt Club đã có những chuyển biến đáng kể, kèm theo đó là những kỉ niệm khó quên đối với mỗi thành viên câu lạc bộ.

Câu lạc bộ Công nghệ thông tin (NTS) được thành lập năm 2016 với mục đích tạo điều kiện giúp đỡ, giao lưu, nâng cao hiểu biết về công nghệ, kết nối giữa học sinh và giáo viên trong trường thông qua công nghệ thông tin.