Năm học 1984 - 1985 trường phổ thông Năng khiếu tỉnh Hải Hưng được thành lập. Tổ Vật lý cũng hình thành năm đó với vỏn vẹn ba thành viên: cô giáo Nguyễn Thị Bạch Vân, thầy giáo Hồ Dũng, thầy giáo Nguyễn Xuân Đài. Nhà giáo ưu tú Nguyễn Thị Bạch Vân cũng chính là Hiệu trưởng đầu tiên của nhà trường. Tổ Vật Lý được lãnh đạo bởi thầy tổ trưởng: thầy Hồ Dũng (1985-1993) và thầy Nghiêm Vinh Quang (1993 đến nay) sau khi thầy Dũng chuyển công tác.  

Năm 1989, kỳ thi chọn học sinh giỏi Quốc tế Tin học được tổ chức, đánh dấu sự ra đời của môn Tin học ở Việt Nam. Trường Phổ thông Năng khiếu Hải Hưng (THPT Chuyên Nguyễn Trãi bây giờ) được trang bị phòng máy tính hiện đại nhất trong tỉnh lúc bấy với thầy Đào Minh Tân là người phụ trách. Môn Tin học bắt đầu giảng dạy từ năm học 1990-1991 dưới hỗ trợ bởi Ban giám hiệu, đặc biệt là thầy Đặng Tự Ân - hiệu trưởng nhà trường.  

Từ những ngày đầu thành lập (tháng 9 năm 1984) cho đến nay, tổ Toán đã trải qua 6 thời kỳ, được lãnh đạo bởi các thầy tổ trưởng, đó là: thầy Hoàng Năng Thân (1984-1993), thầy Trần Quang Vị (1993-1999), thầy Phan Tuấn Cộng (1999-2003, thầy nguyên là Hiệu trưởng trường THPT chuyên Nguyễn Trãi), thầy Phí Văn Dương (2003-2007), thầy Tô Xuân Hải (2008-2020) và hiện nay, từ 4/2020, thầy Nguyễn Dũng đảm nhận vai trò tổ trưởng sau khi thầy Tô Xuân Hải nghỉ hưu.

Lãnh đạo trường THPT chuyên Nguyễn Trãi qua các thời kỳ!

Chặng đường trước mắt còn đầy chông gai thử thách, cuộc sống còn biết mấy gian lao, nhưng với sự kế tiếp và đồng hành, lớp cha trước lớp con sau, mười người như một, không ngừng phấn đấu học hỏi vươn lên, hi vọng rằng tổ Sinh - Công nghệ nhất định sẽ còn đạt được nhiều thành tích cao hơn nữa.

Các thầy cô tổ Giáo dục Thể chất - Giáo dục quốc phòng & An ninh (GDTC- GDQP&AN) quyết tâm phấn đấu đạt những thành tích cao để tô đẹp thêm bảng vàng truyền thống của nhà trường.

Từ sự phấn đấu, hi sinh thầm lặng với bao bước thăng trầm của các thế hệ thầy cô, đến hôm nay, Tổ Ngữ văn trường THPT chuyên Nguyễn Trãi đã thực sự trưởng thành, khẳng định được vị trí của mình với bề dầy thành tích đáng tự hào. 

Thầy giáo Bùi Hữu Hải – Phó hiệu trưởng nhà trường và rất nhiều tấm gương khác chính là những minh chứng về sự trưởng thành của các thế hệ học sinh trường THPT chuyên Nguyễn Trãi trong suốt 35 năm xây dựng và phát triển của nhà trường.

Tiếng Anh là ngoại ngữ thứ hai được giảng dạy ở trường Phổ thông Năng khiếu Hải Hưng, nay là trường THPT chuyên Nguyễn Trãi. Qua hơn 30 năm trưởng thành, bộ môn tiếng Anh đã khẳng định được vị thế của mình.

Đảng bộ Nhà trường đóng vai trò là hạt nhân lãnh đạo làm nên một THPT chuyên Nguyễn Trãi thành công, toả sáng hôm nay. Từ một chi bộ với số Đảng viên ít ỏi ban đầu đến một Đảng bộ vững mạnh với 70 Đảng viên như hiện nay, Đảng bộ nhà trường đã trải qua một hành trình phấn đấu, phát triển và trưởng thành nhiều gian lao nhưng cũng vô cùng rực rỡ.