Năm học 2024 – 2025 là năm học trọng đại kỷ niệm 60 năm thành lập khối PT chuyên Toán và đánh dấu bốn thập kỉ thành lập và phát triển của nhà trường. Ban chấp hành Hội cựu học sinh đã lên kế hoạch tổ chức các hoạt động chào mừng cao điểm.
Kế hoạch tổ chức các hoạt động Tháng Thanh niên nhằm kỷ niệm 90 năm ngày thành lập Đoàn TNCS Hồ Chí Minh của Đoàn trường THPT chuyên Nguyễn Trãi sẽ gồm nhiều hoạt động sôi nổi dưới dạng thi trực tuyến